当前大型设计院的基本组织模式主要有专业所模式和综合所模式两种类型。所谓专业所模式和综合所模式，实质上是直线职能制和事业部制在勘察设计企业的具体呈现。
专业所模式（职能制组织结构）的基本设计可追溯到20世纪初法国的组织理论专家法约尔在担任煤矿公司总经理时所建立的组织结构形式，因此又被称之为“法约尔模型”。专业所模式下的设计院，一般拥有较为庞大的总部，管理职能集中于总部，公司领导层的权威性和决策集权得到强化；生产资源按专业类别划分，配置在各个专业所中，专业所一般只面对专业方向进行人员组织，代表公司本专业的最高水平，其他业务管理、职能管理能力薄弱。专业所模式在简单、静态的环境中，能发挥较大的优势，更加适合业务类型较单一生产技术更迭变化较缓慢的设计院。
综合所模式（事业部制）的基本原理最早由美国通用公司原总裁斯隆提出，这是一种将公司庞大资产和繁重经营业务分而治之的管理方式，往往以业务类型、经营区域、生产工艺、客户群体等为划分依据，划分多个事业部作为相对独立的二级综合所。在综合所模式下，公司的管理资源分布在总部和二级综合所，二级综合所除了生产资源外，还配有研发、采购、销售等管理资源。二级综合所一般不具备独立法人资格，在公司统一的管理政策下，拥有相对独立的市场、相对独立的利益和相对独立的自主权。设计院总部对各二级综合所进行独立核算，二级综合所自负盈亏。在此背景下，二级综合所彼此之间的往来，甚至与总部之间的联系，大多遵循等价交换的原则。综合所模式能帮助企业在复杂、动态的环境中更好的参与竞争。适合此模式的设计院一般是规模庞大、品种繁多且产品之间工艺差别大、技术复杂、市场分布广且市场变化快、适应性较强的大型联合企业或公司。
根据专业所和综合所的内涵、管理和生产资源的配置特点，综合分析两种模式的优劣势如下表1所示。
表1 专业所模式和综合所模式优劣势分析
大型设计院若采用专业所模式，需要建立内部各专业在项目中的分配机制，协调各专业的分配比例。
若采用综合所模式，首先需要明确划分各综合所的经营边界，例如以区域划分，则需要明确各综合所负责的地理范围，若以客户类别划分，则要界定不同综合所对应的客户。其次，二级综合所独立性较高，需要建立明确的授权体系，既保障综合所作用发挥所需要的权利，又不放松总部的监管。此外，还应建立有效的考核评估机制，促进综合所规范经营、提升业绩，完成目标。
大型设计院要根据自身的业务特征及面对的市场环境情况选定适宜的组织模式，并落实对应的保障措施，才能最大程度地激发组织模式的作用。
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